Aはい、破壊できます。
「マスター・G・ブレイカー」の「各ブレイクの前に、相手のクリーチャーを１体選び、破壊する」は、ブレイクするシールドの数だけトリガーする能力ですので、１回ごとに好きな対戦相手を指定して効果を処理できます。
例えば、《SUPREME-GUN・ザ・ジョニー》の攻撃で相手Aのシールドを３つブレイクする際、３回トリガーした「各ブレイクの前に」の能力で、相手A、相手B、相手Cのクリーチャーを１体ずつ選んで破壊できます。