Aいいえ、自分の山札の上から５枚を見た場合でも、破壊するかどうかは任意で選べます。
「自分の山札の上から５枚を見て、その中から２枚まで手札に加える。残りを好きな順序で山札の下に置く」と「パワー6000以下のクリーチャーをすべて破壊してもよい」は"。"で区切られているため、別々の処理として、それぞれを使うかどうか選べます。