Aはい、山札の上から３枚を墓地に置かなくても、「自分の墓地にあるカードの枚数よりコストが小さい相手のクリーチャーを１体選び、破壊する」の効果で相手のクリーチャーを選んで破壊できます。
「〜してもよい」という効果は、使うかどうか自分が決められます。使わなかった場合も、続けて書かれた「その後」以降の効果は解決します。